一座大教堂主要由捐赠给玛达肋纳修女的款项建成

此时，玛达肋纳修女的声望已经超过了院长嬷嬷本人。团体需要做出的所有重大决定都要咨询她。教会内外、尊贵与卑微之人也都来寻求她的建议。很快，玛达肋纳和她结交的那些修女们对城中大事的了解甚至超过了总主教本人。

1523年，总主教需要一座新的大教堂，由于捐赠给玛达肋纳修女的款项极为丰厚，她的圣依撒伯尔天使修院已成为西班牙最富有的修院，能够提供建造所需资金的绝大部分。因此，玛达肋纳修女被咨询关于新大教堂的外观设计。

十字架玛达肋纳修女当选院长
就这样，二十九年来，玛达肋纳的名声随着她所谓的德行一同增长。她所过的生活虽然常常充满惊人事件，但大体上通过她的美德修行和启发信众的来自天上的迹象，为修院的致富做出了积极贡献。她似乎始终虔诚、甘于牺牲，令西班牙高级神职人员为之着迷和倾倒。许多人觉得她应该在修院中担任更高的职务，以配得上她的功德。有人提议她应成为院长，因为随着时间推移，现任院长身体日渐衰弱。玛格达莱娜出于所谓的谦卑表示反对，并以自己管理能力不足为由，说道：

“还是让至圣圣三的依撒伯尔修女当选吧。”

然而，许多同会修女非常希望她担任院长。终于在1533年2月17日，在修会会长在场的情况下，玛达肋纳以四十四票对七票（依撒伯尔·德·拉·至圣圣三仅得七票）当选院长。

新院长玛达肋纳鼓励严厉的克苦与补赎

玛达肋纳上任后，修院生活起初几乎没有变化，只是玛达肋纳院长嬷嬷似乎对严酷的苦修有着强烈的偏好，并劝勉同会修女也这样做。在推行过程中，新院长有时会引发非常难堪的场面。

于是，在告解时，修女们出于虚伪或对过重补赎的恐惧，现在通常只承认一些小的过失。得知此事后，玛达肋纳院长嬷嬷陷入神圣的愤怒之中，这很快在修女们心中引起了难以言说的恐惧。她命令她们承认更严重的罪过，可怜的修女们被院长的严厉吓坏了。有些人放声大哭，另外还有几个人惊人地陷入一种半附身的状态，在地上打滚、弓起身体，然后才慢慢恢复正常。

为了惩戒那些被认为有属灵软弱之罪的修女，院长嬷嬷命令一些人跪着在食堂里爬行，并用舌头在所有集合的修女的鞋子上画十字圣号。

很快，修女们的告解更合玛达肋纳院长嬷嬷的心意了，据称这揭示了她们真实的罪过状态。补赎如今根据所声称的过犯轻重来衡量，因为按照玛达肋纳院长的说法，罪过必须彻底赔补。而为了达成这一目标，普通的绳鞭被换成了带铁尖的鞭子。

至于施行鞭笞（即鞭打）的方式与时机，院长嬷嬷对其进行了“现代化”改革。以前，当需要进行极端补赎和鞭打时，蜡烛会被吹灭，这样就没有人能看见那些选择以此种严厉方式克苦自己的修女。那是修女们自愿的选择，且在黑暗中完成，以免有人知道是谁在鞭打自己。这是为了保持修女的谦卑。

但从现在起，玛达肋纳院长嬷嬷下令蜡烛必须保持点燃，修女们被给予充足的时间，在明亮的光线下、在其他修女众目睽睽之下公开鞭打自己，以履行身体的克苦和补赎。据她说，看到自我施行的补赎，应当激励所有人效仿；否则就会招致他人的愤怒，并引发许多修女内心深处的不足感、灵性软弱和沮丧。鉴于我们知道玛达肋纳嬷嬷此时正受魔鬼引导（我们很快就会看到），人们推测这些异常的苦修正是魔鬼的企图：一方面向一些修女灌输属灵的骄傲，另一方面向他者灌输沮丧与绝望。

那些诸如挨桌乞讨食物的“小补赎”已经一去不复返了；因为按照玛达肋纳嬷嬷的说法，一个骄傲的灵魂很容易就能忍受那种补赎。据她所言，严厉的克苦才是真正痛悔之盐。修女们如今被鼓励跪在镶有圆头铁钉的木板上；被鼓励穿着带有向内尖刺的苦衣或腰带；被鼓励横躺在门口，让其他修女从她们身上踩过；有些人还戴上荆棘冠冕。然而，这些极端的严苛似乎在表面上并未损害团体大多数人对新院长的敬爱。她先后两次以多数票再次当选。似乎没有人敢在团体内部质疑她的权威和权力。

玛达肋纳院长放宽了修会的其他规则
然而，令人惊讶的是，十字架玛达肋纳院长竟然放宽了该修会一些已存在数百年之久的长期规章。这当然首先引起了修会内其他方济各团体的担忧，也引起了总主教和当地教会神父们的忧虑。然而，和过去一样，她圣洁的名声总是先行一步，她最终被允许在自己的修院内放宽许多会规。

据称圣方济各向她显现，并豁免了她的告解义务
玛达肋纳一方面鼓励严厉的苦修和克苦，另一方面却放宽了修会的部分规章。如今，显然是因为她的“圣洁”，据说她修会的创始人圣方济各有一天夜里向她显现，并豁免了她日后必须进行告解的义务。

至于同会修女们的告解，她解释说，用格栅将她们与告解神父隔开是一种侮辱。她认为，她们应该与告解神父面对面而坐。这不仅在修女们中间引起骚动，也在神父们中间引起骚动，因为这种做法在当时整个天主教西班牙闻所未闻。

此外，十字架玛达肋纳院长嬷嬷还授权修女们不再于周五禁食，“以便能够承受更大的克苦”。她的许多同会修女相信，她正在进行的这场伟大的方济各会改革将为修院乃至修会本身带来新的繁荣。因此，难怪短短几十年后，伟大的西班牙改革家和神秘主义者、加尔默罗会的阿维拉的圣德肋撒，在努力向西班牙加尔默罗会推行改革时，会遭到如此激烈的反对。

不久之后，玛达肋纳嬷嬷声称，在前一天晚上，一个死去的女人（大概是炼狱中的灵魂？）来向她告解。她立刻想让年轻的修女和初学生们夜间到她的房间向她告解。这个最新的“创举”当然引起了更多的窃窃私语和怀疑，尤其是至圣圣三的依撒伯尔——她至今仍未忘记在1533年的选举中败给玛格达莱娜，而玛达肋纳（作为院长）自那以后一直在她身上施加最严厉的羞辱。

玛达肋纳嬷嬷受到许多高级显贵的崇敬
然而，在这些令人不安的新改革和指令之中，她同时代伟人们给予她的仰慕似乎轻易地消解了任何批评——西班牙的伊莎贝拉女王亲自将她的肖像寄给玛达肋纳嬷嬷，恳求她为自己祈祷；塞维利亚大主教也经常写信给她，在信中称她为“世上最幸福的人”，大概是因为她据称获得了那么多天上的恩宠。

最高贵的夫人们在怀孕临产之际，会将婴儿用品送去请求她的祝福，正如伊莎贝尔皇后在腓力二世出生前所做的那样。1535年，当查理五世皇帝从巴塞罗那出发远征突尼斯时，他派人将他的军旗送到科尔多瓦，请她为其祝福。宗教法庭庭长曼里克枢机主教和教廷大使乔瓦尼·迪·雷焦都曾前来朝圣拜访她。据说甚至连教宗也曾派人请求她为基督教共和国祈祷。不过应该说，这在当时往往是针对像玛达肋纳嬷嬷这样被认为虔诚的修院院长的常见做法，因为她们掌管各自的修院，教宗和高级主教常会请求她们与修院中的修女们联合祈祷，以造福教会或当地教区。